在海上航行的大多数船只，都有全球定位系统对其进行导航。但由于全球定位系统卫星发出的雷达信号不能穿透水面，因此，潜艇只有在海面上航行时才能使用全球定位系统进行导航；潜入水下之后，就得另找办法了。 

　　在水下，潜艇一般会先用灵敏的陀螺仪测量出自身的活动情况，然后将其输入计算机，由计算机将其活动路线和当地海洋的详细地图进行对比，使潜艇保持在计划路线的30米以内。不过，这种导航方式最多只能连续工作一周，然后潜艇必须重新浮出水面，用全球定位系统和其他电子导航工具校准惯性制导系统。 

　　此外，潜艇在水下还能用声波定位仪来确定自身和海底一些有显著特征的目标的位置，以此来进行导航。声波定位系统可以通过测量声波从某一物体反射回来的时间长短来确定潜艇和该物体之间的距离。